El escrito de conclusiones provisionales del fiscal encargado del caso, Jesús Alonso, relata cómo Caballero abandonó su vivienda, el 6 de mayo de 1998, y se introduj en su vehículo, cuando uno de los acusados, Francisco Ruiz Romero, se acercó al coche y a una distancia de aproximadamente un metro y medio realizó dos disparos que atravesaron el cristal y alcanzaron en la cabeza al concejal.

Los balas impactaron en el pabellón auricular y la mandíbula izquierda de Caballero, quien falleció poco después de ser trasladado al Hospital de Navarra. Mientras, Alberto Viedma Morillas, otro de los procesados, se encontraba en una motocicleta armado también con una pistola,y el tercero, Miguel Javier Ayensa Laborda, esperaba en un vehículo para recoger las armas de los otros dos.

Los tres acusados formaban parte del denominado "comando Ekaitza" de la banda terrorista ETA, según el fiscal, quien explica que Ayensa se encargó de preparar toda la información sobre la víctima, localizar su domicilio y comprobar los horarios con el fin de planificar el crimen, posteriormente reivindicado por la banda mediante un escrito remitido al diario "Egin".

Alonso considera a los res procesados autores del delito de asesinato terrorista, por lo que reclama para todos ellos treinta años de prisión e inhabilitación absoluta, además del pago de una indemnización a los herederos del fallecido por valor de 420.708,47 euros (setenta millones de pesetas).