Aguirre Lete se encuentra procesado en la Audiencia Nacional por un total de cinco causas, en las que se le acusa de asesinato, tanto consumados como frustrados, atentado, pertenencia a bana armada, depósito de armas de guerra y tenencia de explosivos.

Este presunto terrorista está procesado por su presunta implicación en el atentado frustrado contra una furgoneta del Ejército del Aire el 24 de enero de 1994, en Madrid, en el Paseo de la Ermita del Santo. El coche-bomba que colocaron los etarras no llegó a explotar.

Además, está procesado por haber ordenado, en enero de 1996, al "comando Donosti" de ETA que regresaran a España para atentar contra Fernando Múgica, cuyo asesinato tuv lugar el 5 de febrero de ese año.

Asimismo, se le acusa de haber participado en el atentado perpetrado el 19 de octubre de 1993 contra el general del Ejército del Aire Dionisio Herrero Albiñana y el soldado conductor del vehículo. Este último salvó la vida, no así el militar, quien falleció a consecuencia de los disparos de los terroristas.

Aguirre Lete también está procesado por su supuesta implicación en el atentado llevado a cabo por ETA en Madrid el 1 de julio de 1994 contra el general del Eército Juan José Hernández Rovira, a quien dispararon mortalmente cuando se introducía en su coche.

El chófer de la víctima, un joven que se encontraba prestando el servicio militar obligatorio, no fue alcanzado por los disparos de los terroristas, debido a que se lanzó al suelo del vehículo.

También se acusa a Aguirre Lete de haber transmitido al "comando Donosti" instrucciones de José Javier Arizcuren Ruiz, con el fin de que atentaran contra un alto jefe de la policía en San Sebastián. Los terrristas intentaron acabar con la vida del agente en tres ocasiones distintas sin éxito.

Según datos del Ministerio del Interior, Juan Luis Aguirre Lete fue detenido en Bayona (Francia) el 26 de noviembre de 1996. En aquel momento era responsable, junto con José Javier Arizcuren Ruiz, de los comandos ilegales (fichados por la policía) de ETA.