Según el escrito de conclusiones provisionales, la Fiscalía de la Audiencia Nacional considera probado que Ibón Echezarreta, Luis María Carrasco y Patxi Javier Macazaga formaron el denominado "comando Buruntza" de ETA, y que los tres se pusieron de acuerdo para acabar con la vida de Jáuregui, tras haber recibido información sobre sus costumbres y horarios.

Así, el 29 de julio de 2000, pasadas las once de la mañana, los tres miembros del comando s trasladaron a Tolosa (Guipúzcoa) en un vehículo previamente robado por Macazaga Arzurmendi y Echezarreta Echániz y al que habían cambiado las placas de matrícula por otras falsas.

Una vez allí, los tres procesados aparcaron el coche a 500 metros de la cafetería Frontón, a la que solía acudir Jáuregui, entonces concejal del PSOE en el Ayuntamiento de Tolosa.

Ibón Echezarreta se quedó en el vehículo, con el motor en marcha, mientras que Macazaga Azurmendi y Carrasco Aseguinolaza entraron en la caftería y comprobaron que Juan María Jáuregui se hallaba allí.

Tras pedir unas consumiciones, Macazaga Azurmendi fue a los aseos, montó el arma, regresó, pidió otra consumición que ni siquiera probó, se dirigió a Juan María Jáuregui y le disparó en la cabeza, causándole la muerte. Tenía 49 años, estaba casado y tenía una hija.

Acto seguido, huyeron con el vehículo, robado y con placas de matrícula falsas, lo abandonaron y lo hicieron explotar, causando diversos daños materiales.

Para la Fiscala de la Audiencia Nacional, los hechos descritos son constitutivos de asesinato terrorista, robo, falsificación de documento oficial, tenencia ilícita de armas y daños, por lo que procede imponer a los tres procesados un total de 36 años de prisión, y tres más tanto a Echezarreta Echániz como a Macazaga Azurmendi, por robo.