Según el escrito de conclusiones provisionales, la Fiscalía de la Audiencia Nacional considera probado que Irantzu Gallastegui Sodupe y Juan Luis Aguirre Lete integraba el "comando Donosti" en 1996, junto con Javier García Gaztelu, Valentín Lasarte y José Luis Gueresta.

Según la Fiscalía de la Audiencia Nacional, fue García Gaztelu uien disparó contra Fernando Múgica, cuando éste salía de su despacho, en la calle San Martín, de San Sebastián.

Según el fiscal, Gallastegui, junto con el etarra José Luis Gueresta, esperó en un automóvil robado y con las matrículas falsas a los autores materiales del asesinato, García Gaztelu y Valentín Lasarte. Durante la escapada, los terroristas protagonizaron un tiroteo con la Ertzaintza, y lograron eludir la acción policial.

Asimismo, sostiene que fue Juan Luis Aguirre Lete quien proporcioó a Gallastegui, Lasarte, García Gaztelu y José Luis Gueresta, las armas y la información necesarias para el asesinato de Múgica.

Para la Fiscalía de la Audiencia Nacional, Gallastegui y Aguirre Lete son responsables de asesinato, atentado en grado de tentativa, robo con violencia e intimidación y falsificación de matrícula, por lo que pide que cada uno de ellos sea condenado a 42 años de prisión.