Los imputados son Itxaso Ojeda Errasti, Félix Gómez Fernández, Jesús María Zalakaín Garaikoetxea, Xabier Alegría Loinaz, María Teresa Mendiburu Zabarte, Juan Ramón Aranguren Mendizábal y Manuel Intxauspe Vergara. A los dos primeros les acusa de defraudar supuestamente a la Seguridad Social, asícomo a la Hacienda Pública, delito este último del que acusa a los cinco restantes.

Tras negar los hechos que se les imputan, todos ellos salieron en libertad, a excepción de Xabier Alegría, quien se encuentra en prisión por su presunta relación con la estructura política de ETA-EKIN, que también está siendo investigada por Garzón.

En un auto de 22 de noviembre, Garzón sostiene que AEK ha defraudado presuntamente 1.149.240.101 pesetas a la Seguridad Social, desde su constitución en 1982 hasta 199, "a pesar de lo cual ha recibido sin problemas las subvenciones públicas que le han ayudado de forma sustancial e imprescindible a continuar su actividad".

Asimismo, considera que la instrumental de AEK, Galgaraka S.L., ha defraudado las cuotas de IVA correspondientes a los años 1996, 1997, 1998 y 1999 por un importe de 340.199.665 pesetas.

Garzón investiga a AEK dentro del "caso Egin", instrucción que también dio lugar al desmantelamiento de la estructura política de ETA-EKIN. Ahora, trata de aeriguar si dicha Coordinadora de Alfabetización en Euskera, además de los presuntos delitos de defraudación, pudo colaborar con la banda terrorista.