En la réplica a la Comisión, publicada por el Ministerio de Ciencia y Tecnología español, se comentan algunas de las cuestiones y posibles problemas encontrados al informe de la UE.

Una de las principales objeciones que pone España al texto remitido es la falta de clara diferenciación entre la ERA y el Sexto Programa Marco europeo de investigación, que reemplazará al actual (FP6). La Comisión en su opinión, debería separar claramente los objetivos perseguidos en una y otra iniciativa, con el fin de evitar la presente ambigüedad.

Dentro del área ya específica de la ERA, al Gobierno español le gustaría obtener más información acerca de los posibles escenarios en los cuales se combinarían los diversos fondos nacionales y europeos para Investigación y Desarrollo (I+D). Además, España ha expresado su deseo de que la coordinación de políticas nacionales entre los Estados miembros comience lo anes posible.

Respecto a los recursos humanos y la movilidad científica, subraya como principal obstáculo la persistencia de unas relaciones difíciles entre los sectores público y privado. Como solución, propone mayores incentivos para fomentar la movilidad de licenciados e ingenieros, mediante proyectos de I+D que promuevan la cooperación entre universidades, centros de investigación e industria, con un énfasis particular en las pymes.