Según la comisaria de Medio Ambiente, Margot Wallström, "la pérdida de hábitats contribuye a un grave declive de numerosas especies de aves silvestres vulnerables". La Comisión tiene previsto también denunciar a Francia, por el mismo motivo, ante el Tribunal de Justcia comunitario.

La directiva pide a los Estados miembros que definan una red de zonas protegidas para las especies más amenazadas, denominadas Zonas de Protección Especial (ZPE). Además, los Estados tendrán que informar a la Comisión de sus actuaciones, para que ésta pueda garantizar la coherencia de la red. España ha establecido como ZPE 33 lugares, que suponen una extensión total de 582 kilómetros cuadrados, pero aún existe un número considerable de enclaves fundamentales pendientes de definir.

En el caso de Francia, el inventario ZICO, que enumera las zonas de importancia ornitológica comunitarias y que se publicó en 1994, describe 285 lugares. Sin embargo, sólo 117 de estos lugares, que suponen la quinta parte en extensión del total, se han definido como ZPE. Esto hace que la red francesa sea una de las más pequeñas de la UE en relación con el tamaño del país.

Otros Estados miembros se han retrasado en aplicar la directiva. La Comisión ha iniciado el proceso contra Alemania y ha denunciad a Finlandia y los Países Bajos. Por ello, este último país está apresurándose para completar la red holandesa de zonas protegidas.