Entre los aspectos relativos a conservación de la naturaleza qe regula la directiva se incluye la Red Natura 2000, en la que quedarán integrados los espacios y ecosistemas más representativos y mejor conservados de la UE.

España puede ser el país que aporte más superficie a la futura Red Natura 2000, ya que más un diez por ciento del territorio podría quedar incluida en ella.

La nueva red de espacios protegidos europeos incluirá algunas de las áreas que ya son gestionadas por las administraciones nacionales, así como Zonas de Especial Protección para las Avs (Zepas), que en España ocupan casi un cinco por ciento de la superficie estatal.