El sepelio fue un acto íntimo en el que participó la familia, que recibió diversas muestras de condolencia en forma de coronas y ramos de flores, entre las que se encontraba una del Ministerio de Cultura.

Las cenizas de Zabaleta llegaron de Puerto Rico en una pequeña caja enueltas en un papel de estraza y atadas con una cuerda lacrada.

Posteriormente al entierro, se celebró el funeral en el que, alrededor de un millar de personas, dieron el último adiós al artista en la Basílica de Santa María del Coro en la Parte Vieja donostiarra.

Acudieron a las exequias representantes del mundo de la política, tanto de la Diputación Foral de Guipúzcoa como del Ayuntamiento donostiarra, y representantes de la cultura como los escultores, Eduardo Txillida o Ricardo Ugarte. Asimism, acudió, en representación del Ministerio de Cultura, el subdirector general de Música, Francisco Cánovas.

El funeral fue oficiado por seis sacerdotes y contó con la presencia y la actuación del Orfeón Donostiarra, que cantó durante la Comunión. La lectura de los Evangelios corrió a cargo de los familiares de Nicanor Zabaleta.

Por su parte, el párroco de la Basílica de Santa María del Coro, Francisco Labaca, destacó la figura del arpista que "ha dejado viuda a la música". En la semblanza a Zabalta, manifestó que "el arpa fue su primera esposa".

Asimismo, afirmó que "la vida, el trabajo y el esfuerzo de Nicanor Zabaleta fue un gran servicio que hizo a la cultura y, en definitiva al hombre".

Una vez finalizados los funerales, numerosas personas se congregaron alrededor de los familiares para darles el pésame. La familia de Nicanor Zabaleta, quien tocaba el arpa de ocho pedales, ha recibido centenares de telegramas mostrando su afecto al donostiarra que recibió la medalla de oro de la ciudd, entre los que se encuentran el de la Presidencia y el de la Vicepresidencia del Gobierno.

Zabaleta recibirá un homenaje póstumo el próximo més de Mayo en San Sebastián, en el que varias personalidades del mundo de la cultura hablarán sobre él y, finalmente se ofrecerá un concierto en el que se interpretarán algunas de sus obras.

También el Ayuntamiento de San Sebastián pondrá su nombre en una de las salas del futuro Palacio cultural de la capital donostiarra. Mientras que la Diputación guipuzcana ha creado una beca en honor del artista fallecido.