La asociación afirma que el río Segura sufre una crisis ecológica sin precedentes, debido al incremento de los vertidos contaminantes y a la reducción del caudal. Las consecuencias han sido el empeoramiento de la calidad del agua, que desprende un insoportable olor para la población ribereña.

La confederación hace responsable de la precaria situación del río a la poca colaboración de empresas y ayuntamientos ribereños, que vierten sus guas residuales sin depurar al cauce.

Según Ecologistas en Acción, la confederación da prioridad al uso de agua para regadío, frente al mantenimiento del caudal sanitario mínimo, anteponiendo una actividad económica a la salud de los ciudadanos. De esta manera, agrega la organización, se incumple flagrantemente la Ley de Aguas, que da absoluta prioridad al mantenimiento de caudales ecológicos frente a otros usos económicos.

Además, la organización ecologista acusa al presidente de la confederació de desviar agua del caudal del río, a través de la empresa Frocap Lo Romero, hacia las fincas que posee en el Campo de Cartagena.