Según afirman estas asociaciones en un comunicado, "las afecciones que este proyecto causaría en enclaves de alto valor ecológico, la decisión unilateral del Ministerio de Fomento en la elección de la alternativa de Valsaín y la adjudicación de tramos de un trazado incompleto (las entradas a Madrid no se contemplan) carente de Declaración de Impacto Ambiental y sin proyecto constructivo alguno podría ser objeto de un expediente de queja".

Los eologistas afirman que el GIF (Gestor de Infraestructuras Ferroviarias) ha adjudicado tres de los cinco tramos en los que se ha dividido la alternativa Valsaín a diferentes grupos de empresas sin dar a conocer el proyecto definitivo, cuando, "según la normativa europea, antes de concederse las autorizaciones y adjudicaciones de un proyecto, éste debe someterse a una evaluación ambiental".

A juicio de Ecologistas en Acción, la decisión tomada por el Ministerio de Fomento podría infringir varias directivs comunitarias y supondría la destrucción de hábitats de especies protegidas, como el águila imperial ibérica, el buitre negro, el milano real o el búho real.

"Los impactos críticos e inasumibles que produciría la ejecución del proyecto en buena parte de su trazado (en especial en el Valle de Lozoya y en el Pinar de Valsaín), las afecciones a la población, los impactos sobre la geomorfología y el paisaje, las afecciones a ecosistemas valiosos, el impacto acústico -tanto durante la fase de construccióncomo durante la explotación-, el efecto barrera, etc., convierten el proyecto del TAV Madrid-Segovia en inaceptable", concluyen los ecologistas.