Los principales efectos de ese deterioro, según Ecologistas en Acción, son dos: por un lado, los bosques de ribera sufren la pérdida de aquellas especies vegetales más necesitadas de la subida de los niveles freáticos.

Otro de los elementos más alarmantes que resalta Ecologistas en Acción es la práctica desaparición de la fauna del río. De las aguas han desaparecido las especies autóctonas e inclus otras introducidas, como el lucio.

Para la organización ecologista, la Comunidad de Madrid sigue olvidando su frontera sur, que es el Tajo, limitándose a ser una comunidad receptora de las compensaciones por el trasvase.