El informe del Defensor del Pueblo afirma que la aprobación del PHN incurrió en deficiencias de evaluación ambiental respecto a su incidencia sobre los lugares designados para formar parte de la Red Natura 2000, que aglutinará a espacios de interés ecológico de la UE.

La institución que dirige Enrique Múgica pone de manifesto que la única evaluación del plan hidrológico, denominada expresamente evaluación ambiental estratégica y presentada como tal, no fue realizada con carácter previo a la aprobación del plan, sino posteriormente.

Por este motivo, entiende que esta evaluación ambiental "no sería tal, sino una justificación retrospectiva de éste (plan hidrológico)".

El Ministerio de Medio Ambiente ya intentó contrarrestar este argumento en 2002 ante la Comisión Europea señalando que la evaluación ambiental estratégica sistematizaba el contenido del documento que incluía los estudios previos del PHN, de forma que el análisis de los posibles impactos y alternativas ya se habría realizado con anterioridad a la aprobación del plan.

Sin embargo, el Defensor del Pueblo rechaza este argumento, puesto que mantiene que ninguno de los estudios previos a la aprobación del plan incluía el análisis de las alternativas técnicas posibles a la opción elegida ni de sus implicaciones ambientales, por lo que concluye que el documento se limitaba a evaluar el denominado "trasvase del Ebro" y resultaba insuficiente.

El Defensor del Pueblo concluye su exposición en relación a este asunto indicando que la decisión del actual Gobierno de derogar el trasvase del Ebro reconoce las deficiencias de evaluación ambiental en que incurrió su aprobación.