Según la Agencia de Medio Ambiente (AMA), las presiones y amenazas que pesan sobre ese ecosistema han hecho aconsejable establecer este régimen jurídico de protección, para garantizar sus valores naturales.

La iniciativa del Gobierno regional que preside Joaquín Leguina pretende la protección, conservación, restauración y mejora de su flora y faua por razones biológicas, científicas y educativas, así como atender al carácter singular de su relieve y valor paisajístico.

De acuerdo con el texto de la nueva disposición, la aplicación de la normativa legal debe compatibilizarse con el ejercicio de los derechos privados y de las competencias de la corporación municipal y demás organismos implicados.

La laguna de San Juan, una de las más importantes zonas humedas de la región, a juicio de la AMA, está situada en la margen izquierda del río Tajña, en el término municipal de Chinchón, y tiene una vegetación que presenta una diferenciación clara entre la zona de páramo y el cantil, la zona de vega y la aluvial.

Por estas circunstancias, para la AMA, es un preciado lugar de nidificación, descanso, refugio e invernada de una gran cantidad y variedad de aves acuáticas que realizan sus migraciones por este territorio, entre ellas cercetas, ánades, garzas y somormujos.