En el Panteón destacan especialmente obras de Mariano Benlliure de estio italo-bizantino, y la tumba de Canalejas, considerada la mejor pieza del conjunto.

Entre los personajes enterrados en dicho recinto destacaron el general Prim (que fue trasladado posteriormente a Valencia), el general Castaños (enterrado actualmente en la iglesia de Bailén), el general Concha, Palafox y Ríos Rosas. Eduardo Dato fue el último hombre enterrado en el panteón.

La torre de la basílica de Atocha corresponde a la última remodelación, después de varios incendios y demoliciones. En 1523 la ermita de tres naves que ocupaba el solar donde ahora está la basílica fue convertido en convento de Dominicos por Carlos V, para ser reedificado posteriormente por Felipe II.

Durante la invasión francesa el templo quedó desmantelado y arruinado. Durante el reinado de Fernando VII, fue llevada a cabo una gran reforma y, tras cierto abandono, fue derruido por Isabel II para que prosperara un nuevo proyecto.

En 1924, los dominicos solicitaron a Alfonso XIII un solar para levantar a su costa un emplo "provisional" para la imagen de la Virgen de Atocha, debido al abandono de la basílica. El convento, acabado en 1926, fue incendiado el 20 de julio de 1936 reedificado en 1946 y 1951 con el estilo propio de esos años.

En el solar original de la ermita, el Patrimonio Nacional construyó un edificio escolar que se inauguró en 1970.