El trazado deberá modificarse en determinados puntos kilométricos para disminuir los efectos sobre el río Manzanares y suvegetación de ribera, a la Cañada Real Galiana, a la vega del río Jarma y al río Anchuelo.

La declaración contempla además una serie de medidas a tener en cuenta para conservar los espacios naturales protegidos con los que coinciden el trazado, así como otraspara proteger los suelos, la fauna, las aguas y el patrimonio arqueológico.