El Comité Científico se encargará de coordinar los grupos de expertos que evaluarán los riesgos alimentarios, y proporcionar a esta agencia dependiente de Sanidad y Consumo los dictámenes requeridos por su Consejo de Dirección, presidido por María Neira.

Sus miembros son experts en Toxicologçia Alimentaria, Microbiología, Virología, Parasitología o Zoonosis Alimentaria; Epidemiología Humana y Animal, Biotecnología y Modificación Genética, Inmunología y Alergología, Nutrición Humana, Farmacología, Procesos Tecnológicos Alimentarios y Análisis e Instrumentación.

Los científicos seleccionados son Arturo Anadón, Lucas Domínguez, Alberto Bosch, María Luisa García, José Manuel Sánchez-Vizcaíno, Juan Fernando Martínez, Juan José Badiola, Fernando Rodríguez, José Luis García, Francsco García, Manuel Martín, Andreu Palou, Gregorio Varela, Margarita Arboix, Manuela Juárez, Andrés Otero, Juan Francisco Cacho, Francesc Centrich y Alberto Cepeda.