Al Consejo Superior de Investigaciones Científicas se le atribuye un importante papel en el nuevo comité debido a su dedicación exclusiva a la labor investigadora y al carácter multisectorial y multidisciplinar de sus actividades cinetíficas.

Entre otras funciones, el comité asegurará la coordinación efectiva de los proyectos de investigación, propondrá las reformas y reestructuraciones necesarias para la ejecución de los proyectos, establecerá las condiciones idóeas para la elaboración, desarrollo y ejecución de las actividades, favorecerá la utilización conjunta de las instalaciones y reforzará las actividades de intercambio de información entre los centros investigadores.

El Comité de Coordinación Funcional de los Organismos Autónomos de Investigación y Experimentación será presidido por el secretario de Estado de Universidades, Investigación y Desarrollo. La vicepresidencia será asumida por el presidente del Consejo Superior de Investigaciones Científicas CSIC).

Como vocales actuarán los directores generales del CESIC, del CIEMAT, y de los institutos Geominero, Aeroespecial, Oceanofráfico, de Tecnología Agraria y Alimentaria, de Experimentación de Obras Públicas, de Salud Carlos III y del Canal de Experiencias Hidrodinámicas de El Prado.