Esta Secretaría sustituirá a la actual de Cooperación Iberoamericana, que forma parte de la Conferencia Iberoamericana y cuyo Estatuto data de 1999. Desde entonces, ha realizado un importante trabajo de impulso, coordinación y seguimiento de los programas de cooperación.

Desde 2002 los jefes de Estado y de Gobierno participantes en las Cumbres Iberoamericanas se han planteado fórmulas para convertir esa Conferencia en un órgano más eficaz, y en 2004 suscribieron la "Declaración de San José", mediante la que se aprobó ese Estatuto de la Secretaría General Iberoamericana.

Este órgano ejercerá sus funciones de acuerdo con las decisiones de las Cumbres, y a ellas deberá informar del cumplimiento de cada uno de los mandatos recibidos. Estará formada por un secretario general, un secretario adjunto y un secretario para la Cooperación Iberoamericana.