Las conclusiones del Consejo de Niza establecieron que este organismo debería estar en funcionamiento para el año 2002, aunque las diferentes posturas de los Estados miembros hacen inviable de momento la adopción de una decisión.

Según el texto avanzado hasta el momento, la Autoridad Alimentaria estaría compuesta pordos órganos: un consejo de administración y un foro consultivo. Sin embargo, de momento no hay decisión sobre la representación que tendrían en el consejo la Comisión, el Parlamento y los Estados miembros.

En el actual reglamento se habla de doce representantes, cuatro por cada grupo. No obstante, parece que la cifra de representantes por Estado es insuficiente para algunos gobiernos. Asimismo, la responsabilidad política que tendría este organismo está sin definir, ya que se perfila como un grupo de onsulta más que un órgano con decisión.

Otra cuestión sin resolver, aunque no se debatirá en el Consejo, es determinar la sede de esta futura Autoridad Alimentaria. España ya ha presentado la candidatura para que Barcelona albergue la sede, aunque no es la única. Francia apuesta por Lille, que fue presentada en el último Consejo de Agricultura, y la italiana Parma y Helsinki, en Finlandia, son también candidatas a contar con la Autoridad Alimentaria. La ciudad finlandesa cuenta, además, con el apoyo d la presidencia sueca.