El Gobierno ha efectuado también otros cambios en las delegaciones y gobiernos civiles de Euskadi y Navarra. César Milano ha pasado a ser delegado del Gobierno en Navarra y el puesto que ocupaba hasta ahora, gobernador civil de Alava, hasido asignado a Víctor García, quien era actualmente alto cargo socialista de la Consejería de Justicia del Gobierno vasco.

Asimismo, el ex eurodiputado José Alvarez ha sido nombrado gobernador civil de Pontevedra y los hasta ahora gobernadores civiles de Burgos, César Braña, y Cádiz, Violeta Alejandre, han intercambiado sus cargos. Una asesora ejecutiva del Ministerio de Justicia, Carmen Cedeira, es la nueva delegada del Gobierno en Ceuta.

El cese de José María Gurruchaga tiene su origen en las iferencias surgidas con la secretaria de Estado de Justicia, Margarita Robles, y que podrían haberse originado en la apertura de la investigación por parte del ministerio sobre las denuncias de torturas realizadas por cinco presuntos miembros de ETA detenidos a principios del pasado mes de junio en Usúrbil (Guipúzcoa).

Al parecer, el gobernador se enteró de la apertura de la investigación a través de la prensa. El caso quedó cerrado posteriormente al establecer el juez de la Audiencia Nacional Baltasa Garzón que no hubo malos tratos, en una resolución difundida el 22 de julio.

Las discrepancias entre Gurruchaga y Robles culminaron cuando ésta última visitó el acuartelamiento donostiarra de la Guardia Civil en Intxaurrondo, el pasado 21 de julio, y no informó al gobernador sobre los nuevos planes del Ministerio de Justicia e Interior, lo que él consideró "una puñalada".

Sin embargo, la encargada de la Seguridad enmarcó el cese dentro de una remodelación que el Ministerio de Justicia e Interiorestá llevando a cabo en algunos gobiernos civiles y delegaciones de Gobierno.

Gurruchaga, casado y con dos hijos, fue nombrado gobernador civil de Guipúzcoa en 1990. Con anterioridad fue alcalde de la localidad guipuzcona de Rentería entre 1983 y 1987. También fue parlamentario autonómico en 1986.

Durante su mandato ha tenido lugar el desmantelamiento de la cúpula de ETA en Bidart y con posteridad la detención del colectivo 'Artapalo'. También hizo frente al secuestro del industrial guipuzcoano Jlio Iglesias Zamora, así como a las amenazas de diversos industriales de abandonar sus actividades en Guipúzcoa por las presiones de ETA.

Jose María Gurruchaga ha sido el principal valedor del responsable de la lucha antiterrorista de la Guardia Civil en el País Vaco, el coronel Galindo, que se ha visto afectado por el 'informe Navajas'.