Sin embargo, debido a que este presupuesto supera en 237 millones de euros (39.433,4 millones de pesetas) el previsto por el Consejo, las diferencias entre ambas instituciones deberán resolverse en el Comité de Conciliación.

El Parlamento también ha insistido en dar un papel importante a la promoción de las tecnologías limpias en los ámbitos que cubre la tercera fase de LIF, entre los años 2000-2004. Los principales objetivos del programa son la lucha contra las sustancias que contaminan la atmósfera e influyen en el cambio climático, así como el uso sostenible de las aguas subterráneas y de superficie.