El objetivo de la directiva es prevenir la penetración de cantidades excesivas de nitratos, procedentes de fertilizantes y residuos agrarios, en las aguas supericiales y subterráneas, ya que un nivel excesivo de esta sustancia provoca cambios ecológicos perjudiciales en aguas, además de terner efectos perjudiciales para la salud pública.

Los Estados miembros de la CE están obligados, desde diciembre de 1993, a llevar un control de las aguas para determinar aquellas que están contaminadas por nitratos y a designar zonas vulnerables, para las que había que elaborar programas de acción antes de diciembre de 1995 para el control de nitratos de origen agrario.

Además, estaban obligados a elaborar códigos de prácticas agrarias concretas y a presentar a la Comisión informes sobre la aplicación de la directiva.

El 13 de abril de 2000, el Tribunal de Justicia de las Comunidades Europeas censuró a España por no adoptar este programa de acción para las zonas vulnerables. Desde ese momento, España ha remitido a la CE los programas de acción referentes a algunas de las nueve de las regiones afectadas, pero todavía no ha aprobado los relativos a Castilla y León, Adalucía, Valencia e Islas Baleares.

La comisaria europea de Medio Ambiente, Margot Wallström, ha lamentado que "todavía hay demasiados Estados miembros que siguen actuando con excesiva lentitud en relación con la contaminación por nitratos, a pesar de los compromisos que asumieron en virtud de esta directiva".