También se remodela su Consejo Rector, ya que el decreto de 1980 que regulaba la organización y funcionamiento del CEC atriuía la presidencia del mismo al ministro encargado de la coordinación legislativa, figura inexistente en la actualidad. El presidente del Consejo Rector será ahora el ministro de la Presidencia.

Asimismo se amplia el número de vocales y entidades que pasan a formar parte del Consejo Rector, para poder dar cabida a instituciones y personalidades del mundo académico, investigador y docente.