El MAM recogerá una exposición inédita sobre aspectos que tengan que ver con la relación del hombre con el mar en el pasado, además de todos los avances con que cuentan los museos europeos. El programa del edificio incorpora toas las necesidades para ejercer las funciones de investigación arqueológica submarina y las museísticas.

Las obras de esta nueva sede están ubicadas en la explanada del muelle de Alfonso XII y la finalización del proyecto está previsto para diciembre del 2003. El edificio esta a cargo del arquitecto Guillermo Vázquez Consuegra, que contará con un presupuesto final de 7.668.493 euros (1.275.960 millones de pesetas).

El proyecto se compone de la construcción del nuevo edificio, la conservación y muealización de las embarcaciones fenicias de Mazarrón 1 y 2, la restauración de bienes, la exposición permanente, y otras cuestiones de carácter institucional e interno como el patrocinio de empresas o la reorganización de personal, entre otros.