Las alegaciones se presentan antes de la celebración del juicio oral y hacen referencia a la posible vulneración de los derechos fundamentales de los procesados, así comolos aspectos técnicos irregulares que hubieran podido producirse durante la tramitación de la causa.

El procesado "Josu Ternera" alega que ya fue juzgado por los mismos hechos en Francia, donde fue condenado a 10 años de prisión. Además, tanto "Josu Ternera" como "Antxon" y "Makario" sostienen que el Tribunal Supremo no puede juzgarles porque carece de jurisdicción para ello.

En este sentido, argumentan que en el momento de los hechos por los que se les quiere juzgar estaba en vigor la anterior ey Orgánica del Poder Judicial, que no recogía la competencia de los tribunales para juzgar a ciudadanos españoles por los delitos que hubiesen cometido en el exterior.

Sin embargo, en su escrito de conclusiones provisionales la fiscal del "caso Sokoa" en el Tribunal Supremo, Carmela Madrigal, argumenta que los hechos por los que están procesados "Josu Ternera", "Antxon" y "Makario" tuvieron lugar en fechas anteriores a 1986 y en ese año, cuando ya estaba en vigor la actual Ley Orgánica del Poder Judiial.

El artículo 23.2 de esta ley establece que la jurisdicción de nuestro país "conocerá de los hechos previstos en la leyes penales españolas como delitos, aunque hayan sido cometidos fuera del territorio español, siempre que los criminalmente responsables fueren españoles".

El "caso Sokoa", por el que también está procesado el etarra "arrepentido" Juan Manuel Soares Gamboa, se encuentra en el Tribunal Supremo debido a la condición de aforado de "Josu Ternera", diputado de Euskal Herritarrok. Este caso surgió tras el desmantelamiento de la cooperativa "Sokoa", ubicada en Hendaya (Francia), donde fueron hallados un arsenal de armas de ETA y abundante documentación de la banda terrorista.

La fiscal del "caso Sokoa" y la Asociación Víctimas del Terrorismo, que ejerce la acción popular, piden 31 años de prisión "Josu Ternera", otros 10 para "Antxon", 7 para "Makario" y 2 para Juan Manuel Soares Gamboa.