El nuevo secretario general de la CESM se ha propuesto ahora ampliar el arraigo del sindicato en el sector (actualmente el 35 por ciento de los médicos de la sanidad pública están afiliados), adaptar su funcionamiento a la realidad autonómica española y colaborar con toda política sanitaria que tenga en cuenta os principios de mejora de la sanidad pública y de mayor consideración hacia los médicos que trabajan en ella.

Carlos Amaya compatibilizaba en el sindicato desde 1991 los cargos de secretario general adjunto y secretario general de la Asociación Profesional Médica de Madrid (CESM-Madrid). Desde ambos puestos colaboró en la proyección de esta organización sindical hacia el exterior, que culminó con la integración de la CESM en la Federación Europea de Médicos Asalariados. Durante la huelga de médicos d 1995 actuó como portavoz y miembro del equipo negociador.

Doctorado en Medicina y Cirugía por la Universidad Autónoma de Madrid con la calificación de sobresaliente, Carlos Amaya se especializó en Neurocirugía en el Hospital de La Paz de la mano del profesor Sixto Obrador. Posteriormente, pasó a ocupar plaza de dicha especialidad en el Hospital Niño Jesús de Madrid, donde es jefe de sección desde 1988.