El expediente abierto a España tiene relación con el ámbito de las subvenciones, el de Italia con la no percepción del VA sobre los peajes de los túneles de Fréjus y del Mont Blanc, y el de Bélgica con la percepción del IVA sobre el derecho de participación. En el caso de que estos países no den una respuesta satisfactoria en un plazo de dos meses, la Comisión podría recurrir al Tribunal de Justicia de las Comunidades Europeas.

El caso de España tiene que ver con la limitación del derecho a deducción en caso de percepción de subvenciones. La directiva vulnerada permite a los estados miembros incluir las subvenciones e el denominador para calcular la prorrata de deducción aplicable a los sujetos pasivos que ejercen a la vez actividades que dan derecho a deducción y actividades exentas.

España ha hecho uso de esta facultad, pero aplica una prorrata a los sujetos pasivos aun cuando sólo realicen operaciones gravadas únicamente por el hecho de que reciben subvenciones. Por otra parte, la legislación española establece una limitación del derecho a deducción cuando se adquieren bienes por medio de una subvención en capial.

A juicio de la Comisión Europea, estas normas contravienen un derecho fundamental en materia de IVA, que consiste en el derecho a deducción tal como se recoge en el artículo 17 de la sexta directiva sobre el IVA.