Esta coordinación será dirigida por un Oficial General de la Guardia Civil, que dependerá directamente del director general de la Policía y Guardia Civil, a través de la Dirección Adjunta Operativa.

De esa autoridad de coordinación dependerá el Centro de Coordinación Regional de Canarias, en el que se integrará el Centro de FRONTEX, y será el responsable de proponer nuevas operaciones o procedimientos conforme lo exija el cambio en la situación de los flujos de inmigración ilegal en Canarias. También coordinará la actuación de todos los medios implicados en actuaciones relacionadas con la inmigración ilegal.

El Centro Regional de Coordinación de Canarias tendrá su sede en Las Palmas, en la que se localizará el Centro de Operaciones Navales del Mando Naval de Canarias, y en la que se integrarán representantes de los diversos organismos que participan en estas operaciones.

Entre sus funciones figuran la coordinación de las patrullas conjuntas de las operaciones de las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado, de las Fuerzas Armadas, de los Servicios de Salvamento Marítimo y de la Cruz Roja, así como la determinación de los flujos de acceso de los inmigrantes ilegales a los centros habilitados para su acogida e internamiento.