Los valencianos le eligieron presidnte en 1995. Desde entonces, impulsó el traspaso de competencias del INEM a la Comunidad Valenciana, se inauguraron los últimos tramos de la autovía Madrid-Valencia y se alcalzó el acuerdo para la construcción del AVE Madrid-Valencia.

Zaplana es miembro de la Ejecutiva Nacional del PP desde 1999, es presidente del PP en la Comunidad Valenciana y actuó como presidente del XIV Congreso Nacional en el mes de enero, en el que Aznar fue reelegido presidente por última vez.

Actualmente, es también viceresidente del Comité de las Regiones de la Unión Europea, ante la imposibilidad de un acuerdo con el grupo socialista en el Parlamento Europeo para que Zaplana ocupase la Presidencia de esta institución durante los dos primeros años del mandato.