Los autores del atentado habían preparado tres granadas para su lanzamiento a 200 metros del cuartel. Dos de los proyectiles impactaron cerca de la casa en una zona de huertas, mientras que la otra no llegó a salir de donde estaba instalada.

Según el departamento de Interior del Gobierno Vasco, poco después de la una y media de la madrugada se escucharon ds detonaciones que se atribuyeron a la explosión de unos cohetes pirotécnicos.

De inmediato, varias patrullas de seguridad ciudadana de la Policía autónoma vasca se dirigieron al lugar donde localizaron minutos más tarde, en una campa próxima al cuatel, el artefacto lanza-granadas dotado de cuatro tubos que contenía una tercera granada en activo, y posiblemente una cuarta.

Los dos pabellones de la casa cuartel en la que habitan 80 personas fueron evacuados de inmediato a otro edificio más protegio.

Según fuentes policiales, los tronados de carga hueca suelen ser habitualmente empleadas por ETA. El cuartel de Guernica ya sufrió otro atentado de este estilo, con granadas, en 1987 en el que resultaron muertos dos agentes de la Guardia Civil.

Los trabajos de desactivación e inspección de la zona se pospusieron hasta el amanecer ante la posibilidad de que los terroristas hubieran colocado algún tipo de trampa en la zona.