La última víctima de la "Ertzaintza" fue Alfonso Mentxaka Lejona, de 29 años, que murió el 1 de septiembre de 1991 a caus de las heridas que sufrió en un tiroteo mantenido con miembros del "Comando Vizcaya" de ETA el 29 de agosto de ese año en Bilbao, en el que falleció el etarra Juan María Ormazábal, alias "Turko".

En 1985 fue asesinado el superintendente de la Policía Autónoma Vasca y teniente coronel del Ejército Carlos Díaz Arcocha. Un año después, durante la liberación del industrial Lucio Aguinagalde, secuestrado por ETA, murió Genaro García Andoáin, encargado de las operaciones especiales del cuerpo.

El agene José Juan Pacheco falleció dos años más tarde, al estallar una bomba que los terroristas habían colocado en la línea de ferrocarril Madrid-Irún.

En 1989 resultó muerto el jefe de la Unidad Antiexplosivos de la "Ertzaintza", Luis Hortelano García, mientras desactivaba una trampa-bomba colocada por la organización terrorista.