De esta forma, los magistrados dan por bueno el incidente de recusación presentado por el ex militar argentino Adolfo Scilingo, quien en su día solicitó al juez que se abstuvise de investigar el caso, por considerar que había perdido su imparcialidad al haber prologado el libro titulado "Otumba", del argentino Rafael Flors,

Garzón rechazó los argumentos esgrimidos por Scilingo y decidió seguir adelante con el caso, alegando que la formulación del incidente de recusación contra él era "incomprensible", decisión que fue recurrida por la Fiscalía de la Audiencia Nacional y revocada ahora por la Sección Tercera de la Sala de lo Penal.

Los magistrados recuerdan a Garzón que cuando un juez es recusado, éste debe remitir todos los datos al magistrado correspondiente para que decida si debe seguir investigando el caso, sgún el artículo 225 de la Ley Orgánica del Poder Judicial. "Esta norma legal es de inexcusable cumplimiento", dice la Sala, para la que Scilingo no actuó con mala fe cuando recusó al titular del Juzgado Central de Instrucción número 5 de la Audiencia Nacional.

Ahora, deberá ser el titular del Juzgado Central de Instrucción número 1 de la Audiencia Nacional, Guillermo Ruiz Polanco, quien decida si Garzón debe seguir investigando el caso de los desaparecidos en la dictadura militar argentina.

Garzó procesó en noviembre de 1999 a Adolfo Scilingo, a quien acusa del asesinato de 28 personas en los denominados "vuelos de la muerte", en los que se arrojaba prisioneros desnudos y sedados desde un avión al mar de La Plata.

Scilingo reconoció su participación en dichos vuelos cuando compareció ante Garzón en octubre de 1997. Sin embargo, tras su procesamiento desmintió haber tenido parte en dichos crímenes y aseguró que la investigación del juez era un "montaje".

El juez Garón inició la investigacón de este caso a raíz de la denuncia presetanda en su día por la Unión Progresista de Fiscales. En la causa se personaron posteriormente Izquierda Unida, la Asociación Argentina Pro Derechos Humanos y la Organización de Solidaridad para Asia, Africa y América Latina.