La reforma se hará en dos fases. La prmera, por un importe aproximado de 155 millones, consistirá en la reestructuración y adecuación de los depósitos documentales, así como la dotación de equipamiento para la conservación de los fondos.

El derribo del depósito antiguo ha obligado a trasladar todos los fondos (45.000 legajos aproximadamente de los 75.000 que custodia) al Archivo de la Real Chancillería de Valladolid, donde permanecerán provisionalmente durante los nueve meses que durarán las obras.

La segunda fase, en la que el miniserio tiene previsto invertir 1.000 millones de pesetas, permitirá la remodelación de los espacios internos del archivo, aprovechando las superficies dejadas por los fondos documentales.