En otras dependencias del palacio, dentro de la biblioteca, están censados 347.000 libros impresos, 3.200 manuscritos y 2.025 títulos de revistas, que se han acumulado a través de distintos procesos de agrupamiento de fondos dispersos por toda España.

La Biblioteca del Monasterio de El Escorial reúne alrededor de 70.800 libros impresos y un total de 5.237 manuscritos que antes estaban repartidos en los distintos Centros de Conservación del Patrimonio Nacional.

Otros centros qu continúan en su emplazamiento original y contienen aún sus propios fondos son el Archivo de los Reales Alcázares de Sevilla, el Monasterio de Santa Clara de Tordesillas, los monasterios de la Encarnación y de las Descalzas Reales de Madrid y el Monasterio de las Huelgas, en Burgos.

Entre los documentos registrados en todos estos archivos se encuentran expedientes, legajos y códices que componen el importante patrimonio bibliográfico y documental de nuestro país, que puede ser consultado por investigaores y estudiosos, previa solicitud formal.