La principal novedad de esta reestructuración es la creación de un Mando de Operaciones, que estará compuesto por unos 100 cuadros de mando, y que tendrá como misiones dirigir las acciones conjuntas de los tres ejércitos, las misiones en el extranjero, el adiestramiento conjunto de los distintos ejércitos y la organización del transporte estratégico.

Precisamente, de este Mando de Operaciones "dependerá un grupo de inspección sobre contrataciones, que llevará a cabo las inspecciones necesarias para el control de los medios de despliegue contratados", en un claro intento de subsanar las irregularidades que se produjeron en el alquiler del Yakovlev- 42 en el que perdieron la vida 62 militares españoles.

El Mando de Operaciones, que estará dirigido por un general de cualquiera de los tres ejércitos, sustituye a la anterior División de Operaciones del Estado Mayor Conjunto (EMACON), sobre la que cayeron las principales culpas por el proceso de contratación de los aviones similares al Yakovlev-42.

La orden ministerial establece también la creación del Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas (CIFAS), un organismo que se centrará en exclusiva en proporcionar "inteligencia militar" al ministro de Defensa y a las autoridades militares para las misiones que desempeñen.

El CIFAS no dependerá directamente del Centro Nacional de Inteligencia (CNI), pero "formará parte de la Comunidad de Inteligencia", liderada por el CNI.

Según la orden ministerial, el CIFAS, "en materia militar, tendrá carácter complementario del CNI, quien supervisará el 'Plan Conjunto de Inteligencia Militar' y dará las directrices que procedan a los efectos de coordinación y cooperación".

Además, el Centro de Inteligencia de las Fuerzas Armadas tendrá carácter conjunto y los órganos de inteligencia táctica de los tres ejércitos mantendrán una dependencia funcional con él.

En el Estado Mayor Conjunto se establecen tres divisiones: la de Estrategia y Planes, la de Logística y la de Sistemas de Información y Telecomunicaciones.