Para Almagro, que de esta forma rechazaba la idea de que sea el Ministerio Público quien se dedique a la investigación de los hechos delictivos sustituyendo a los jueces instructores, estos condicionantes desparecerán cuando el Fiscal General del Estado tome sus poderes del Parlamento.

"Sería conveniente que el Ministerio Fiscal fuese una pesona nombrada con unas garantías de relativa independencia e imparcialidad respecto al Ejecutivo, lo que se podría lograr con un sistema de elección parecido al existente en el caso del Defensor del Pueblo", afirmó.

Entre las normas que debieran regular la designación del Fiscal de Estado, el magistrado del Tribunal Supremo apuntó como necesario que la persona designada no pueda ser cesada salvo por "causas tasadas -porque realice actos que no sean legales-" y que su mandato tenga un tiempo limitado. Almagro, que intervino en el seminario "La Administración de Justicia y reformas procesales" de la Universidad Internacional Menéndez Pelayo (UIMP) de Santander, consideró "deseable" que el Ministerio de Justicia y el de Interior vuelvan a configurarse como departamentos separados dentro de Ejecutivo, "aunque en momentos de crisis o emergencia puede que haya sido conveniente que se hayan unido".

Para el magistrado, la interrelación de ambos ministerios es "complicada", por lo que a su juicio sería"deseable la separación, por lo menos en el momento actual de la organización del Estado".

Según José Almagro, "en el futuro quizás esta unión sea posible, pero siempre pensando en un Ministerio de Justicia que no tuviera prácticamente funciones, porque éstas estarían asumidas por el Consejo General del Poder Judicial".