El funeral comenzó con dos horas de retraso, al prolongarse la práctica de las autopsias de ambos cadávees en el cementerio de Polloe. Los dos cuerpos fueron trasladados posteriormente a la iglesia de la Sagrada Familia, sin pasar por la capilla ardiente instalada en el Gobierno Civil.

Al funeral asistieron, entre otras personalidades, el ministro del Interior, José Luis Corcuera; el consejero de Interior del Gobierno vasco, Juan María Atutxa; José Antonio Aguiriano, delegado de Gobierno en el País Vasco, y Ramón Jáuregui, secretario general del PSE-PSOE.

Los familiares más directos de los guardiasasesinados, José Manuel Fernández Lozano y Juan Manuel Martínez Gil, llegaron a la iglesia en un microbús. La madre de Juan Manuel Martinez increpó a un cámara de televisión pidiendo que no les filmara, mientras se cubría la cabeza con una chaqueta negra.

La misa fue concelebrada por el párroco de la Sagrada Familia, Bartolomé Auzmendi, que fue increpado al cantar el Padre Nuestro en euskera.

En ese momento, muchos de los asistentes al acto salieron del templo, mientras decían "Esto es España, qu cante en castellano" y proferían gritos en favor de la Policía y la Guardia Civil. Otros pidieron que se respetara a las familias de los agentes asesinados.

Durante la homilía, el párroco leyó una carta del obispo de San Sebastián, José María Setién, que reiteró su condena al atentado de ayer y dijo a sus autores que "ni tienen derecho a matar ni son esos los caminos que han de llevar la paz a nuestro pueblo, al que han hecho ya sufrir demasiado".

"Somos muchos los que nos preguntamos y les pregntamos cuál ha de ser el límite de esa locura que no se detiene ni siquiera ante el derecho a la vida de personas que nada tienen que ver ni con ellos ni con sus estrategias", prosiguió Setién.

Asimismo, hizo referencia al comunicado de ayer de HB, en el que esta formación culpaba al Gobierno del atentado. "No queremos tampoco aceptar la mentira de que sean otros los culpables por no querer plegarse a sus deseos o a sus planes o estrategias", continuaba la carta del obispo. Setién pidió a los etarras ue dejen de maltratar y sacrificar al pueblo vasco "bajo la pretensión de querer salvarlo".

A la salida del templo, la madre de José Manuel Fernández gritó: "Me lo han matado" y "Viva la Guardia Civil", mientras se escuchaban gritos de "Corcuera sinvergüenza".

Los dos cadáveres partieron hacia las localidades donde van a ser enterrados: José Manuel Fernández en Alfacar (Granada) y Juan Manuel Martínez en la localidad orensana de Sarreans.