El funeral se celebró en el patio del acuartelamiento de Loyola, en San Sebastián, donde prestaba sus servicios el brigada, y a él asistieron el secretario de Estado de Administración Militar, Julián Arévalo; el director general de la Guardia Civil, Ferrán Cardenal; el jefe del Estado Mayor del Ejército, José Faura; y el viceconsejero de Seguridad del Gobierno vasco, José Manuel Martiarena.

La viuda del militar fallecido recibió la Cruz de la Orden del Mérito Militar con distintivo blanco, concdida a título póstumo a su marido. El capellán castrense que ofició el funeral expresó su rotundo rechazo a la violencia "que sigue hiriendo a los pueblos de España".

A su vez, el obispo de San Sebastián, monseñor José María Setién, hizo público un comunicado, titulado "¿Hasta cuándo habréis de seguir matando?". En él, pregunta a los terroristas: "¿podréis decirnos alguna vez quien es el que os da derecho a matar, ciertamente el pueblo vasco no, y siendo ello así, por qué matáis?".

Al término de a ceremonia religiosa, José Antonio Aguiriano dijo que cree "honestamente que no se puede practicar la política del avestruz y que hay que enfrentar los hechos. La relación de la sociedad vasca con los terroristas debe ser una relación parecida a la que hay entre la escoba y la basura".

El viceconsejero de Seguridad, José Martiarena, señaló que la Ertzaintza hará todo lo que pueda para poner a disposición de la justicia a los autores del asesinato.

Tras el funeral, los restos mortales de Mariano e Juan Santamaría fueron conducidos a la localidad leridana de Tremp, de donde es natural su viuda, Josefina Navarro.