Economía cree conveniente que el plan introduzca un régimen económio y financiero sobre el uso de los recursos hidráulicos, cuestión que provocó fuertes polémicas entre los sectores que más agua consumen (Agricultura e Industria) siempre que Obras Públicas planteó alguna sugerencia al respecto.

El documento "25 propuestas para mejorar el Plan Hidrológico Nacional", elaborado por el ingeniero de Caminos Juan Manuel Ruiz para el Centro de Investigaciones para la Paz (CIP), señala que mientras en Europa el precio medio pagado para el abastecimiento y depuración del aguaes de unas 200 pesetas el metro cúbico y en EE.UU. asciende a 500, en España sólo se pagan unas 50.

Sin embargo, el costo del ciclo completo del agua en nuestro país se situaría alrededor de las 150 pesetas el metro cúbico: depuración, distribución, saneamiento, amortización de inversiones y financiación de nuevas infraestructuras.

Juan Manuel Ruiz concluye que "el déficit hídrico que nos aqueja es consecuencia directa de la no adecuación de la oferta hídrica a la excesiva demanda que se deriva d su reducido precio". En la agricultura de regadío española, que consume alrededor del 80 por ciento de los recursos hídricos, el precio del agua es de tan sólo una peseta por metro cúbico.

En cualquier caso, el Ministerio de Economía lamenta en sus alegaciones que en la planificación del Plan Hidrológico Nacional no se hayan tenido en cuenta las directrices e indicaciones que marcó este departamento.

Economía también puso de relieve en un principio la inexistencia de alternativas al texto que seproponía. Sin embargo, esta demanda fue posteriormente resuelta por Obras Públicas.