Las Columbretes son una Reserva Natural, incluida en la red de Parques Naturales de la Comunidad Valenciana, que gestiona el Ejecutivo valenciano, y al mismo tiempo son una Reserva Marina, a cargo del Ministerio de Agricultura, Pesca y Alimentación.

Por este acuerdo, la Autoridad Portuaria cederá el uso del edificio del faro, mientras que la Consejería de Territorio y el Ministerio de Agricultura se encargarán de la rehabilitación del inmueble y del entorno en el que se ubica

En este lugar, en 2005, continuará desarrollándose el proyecto LIFE para la conservación de la Gaviota Audouin en la Comunidad Valenciana, una especie que está considerada como en peligro de extinción en el mediterráneo occidental. La Consejería de Territorio invertirá en este programa 47.831,83 euros. Asimismo, este año se evaluará el estado de la vegetación del archipiélago durante los últimos diez años y se realizará la cartografía temática destinada a la ordenación territorial y a la gestión de la Reserva Natural de las Islas Columbretes. Estos proyectos contarán con 11.832 euros y 12.000 euros respectivamente.