Según los ecologistas, la construcción del almacén de residuos radiactivos es ilegal, ya que vulneraría la normativa municipal, que prohíbe la construcción de un almacén de este tipo. Para que el ayuntamiento pudiera conceder la licencia debería modificar las normas subsidiarias.

Sin embargo, el trámite administratvo necesario para cambiar la normativa, incluso en el supuesto de que todos los afectados estuvieran de acuerdo, es demasiado largo y la piscina que alberga ahora el combustible de la central quedaría saturada antes de que finalizaran los trámites.

El propio ministerio podría autorizar la construcción de la instalación, pero necesitaría el informe preceptivo de la comunidad autónoma, y su presidente, José Bono, ha advertido de que rechazará el nuevo almacenamiento de residuos radiactivos si no se ciera la central de Zorita, la más antigua de España, situada también en la provincia de Guadalajara.

El Ayuntamiento de Trillo ha denegado en dos ocasiones la licencia solicitada por la central nuclear. Los propietarios de la instalación han recurrido estas resoluciones y el juicio está pendiente de fallo en el Tribunal de Justicia de Castilla-La Mancha.