A estos premios podrán concurrir todos los grupos de investigación e investigadores de las universidades españolas, según el comunicado difundido por la entidad.

Los trabajos que se presenten a los Premios Fundación 3M a la Innovación 2009 deberán ser inéditos, no podrán estar sustentados económicamente por empresas o instituciones privadas.

En cuanto a la temática, los trabajos deberán versar sobre medio ambiente, industria, salud (humana, animal o agroalimentación) o seguridad vial, protección personal y seguridad documental.