La vigilancia sanitaria de las aguas se ha realizado en todas las provincias con costa y en las ciudades de Ceuta y Melilla. En total, se tomaron muestras en 1.268 zonas de baño de 384 municipios, con 1.631 puntos de muestreo (el 75,5% pertenecientes a laPenínsula y el 24,46% a las islas).

En todos los puntos de muestreo vigilados fueron medidos los niveles de coliformes totales, coliformes fecales, color, aceites minerales, sustancias tensoactivas, fenoles y transparencia. Además, se determinó el nivel de estreptococos fecales (en el 100%), salmonella (16,31%), pH (61,19%), oxígeno disuelto (27,96%) y materias flotantes (85,22%).

Respecto a la vigilancia sanitaria de las aguas de baño continentales, el programa afirma que el 88% de las examinada son salubres y aptas para bañarse en ellas.

En el programa fueron analizadas el 65,96% de las provincias peninsulares (150 zonas de baño integradas en 137 municipios). Se efectuaron un total de 16.788 determinaciones en 168 puntos de muestreo, de los que el 60% correspondía a ríos y el 39% a embalses y lagos.

En todos los puntos fueron determinados los parámetros obligatorios: coliformes totales, coliformes fecales, color, aceites minerales, sustancias tensoactivas, fenoles y transparencia. Adems, como en las playas, se determinaron estreptococos fecales (en el 88,10%), salmonella (35,12%), pH (52,38%) oxígeno disuelto (23,21%) y materias flotantes (53,57%).

El Programa Nacional de Vigilancia Sanitaria de la Calidad de Aguas de Baños del 2001 nació en 1986 y es coordinado por la Dirección General de Salud Pública y Consumo del Ministerio de Sanidad y Consumo, con la participación de todas las CCAA, además de las ciudades de Ceuta y de Melilla.