Asimismo, la Alianza Evangélica criticó que los prelados católicos afirmaran que gracias al catolicismo "Europa ha sabido afirmar la autonomía de los campos espiritual y temporal y abrirse al principio de la libertad religiosa, respetando tanto los derechos de los creyentes como de los no creyentes". Para la citada entidad, los primeros gobiernos nacieron gracias al impulso del cristianismo protestante, y no del catolicismo.

También expresó su rechazo a que tanto la Iglesia católica como cualquier creencia o no creencia sea considerada como una "denominación de origen" del hecho de ser español, ya que "reclamar de nuevo la catolicidad del espacio público y la identidad española" demuestra ninguna reflexión por parte de la jerarquía católica española.

Respecto a la prohibición de la presencia de crucifijos en las escuelas públicas, la Alianza Evangélica defendió que no debe confundirse "la necesaria renuncia al monopolio del espacio público" con "el legítimo derecho a la presencia cultural religiosa", un hecho que a su entender ocurre a menudo, por ejemplo con el belén navideño.