Fratini nació en Macerata (Italia) el 25 de abril de 1944. Recibió la ordenación sacerdotal el 6 de septiembre de 1969 y es doctor en Derecho Canónico. En 1974 ingresó en el servicio diplomático de la Santa Sede y ha desempeñado sus funciones en las sedes de Japón, Nigeria, Etiopia, Grecia, Ecuador, Jerusalén y Palestina y Francia.

El 7 de agosto de 1993 fue nombrado Nuncio Apostólico en Pakistán, el 8 de agosto de 1998 fue designado para este mismo cargo en Indonesia y el 24 de junio de 2003 para Timor Oriental. Desde el 27 de enero de 2004, Fratini ha sido Nuncio Apostólico en Nigeria. Además del italiano, habla español, francés e inglés.

Fratini sucede en la Nunciatura Apostólica en España a Manuel Monteiro de Castro, que ha sido nombrado Secretario de la Congregación para los Obispos. Antes de tomar posesión de su nuevo cargo en Roma, se despedirá oficialmente con la celebración de una misa que tendrá lugar el domingo 30 de agosto a las 12.30 horas en la Basílica Pontificia de San Miguel, en Madrid.