Según el escrito presentado ante la Sala Segunda del Tribunal Supremo, el motivo de la recusación contra Varela es "haber manifestado interés indirecto en el procedimiento y parcialidad en el mismo".

Garzón se refiere, entre otros motivos que a su juicio son causa de recusación, al contenido del auto dictado el pasado 20 de abril por Varela, en el que, "advirtiendo defectos insubsanables en el escrito (de acusación) presentado por Falange Española de las JONS, acordó requerir a esta parte para que formulase un nuevo escrito de acusación subsanando 'el defecto que se deja indicado'".

Según Baltasar Garzón, "esta intervención del Excmo. Instructor no se encuentra amparada en ningún precepto de la normativa procesal vigente, y es manifiestamente ajena a las normas esenciales del procedimiento".

Asimismo, el juez de la Audiencia Nacional indica que Varela dictó una providencia el 21 de abril en la que, advirtiendo también defectos en el contenido del escrito de acusación de Manos Limpias, requería a esta organización que los subsanara, indicando incluso las páginas concretas que debía excluir de su escrito.

Esto supone, a juicio de Garzón, que el juez del Tribunal Supremo "está interviniendo en el contenido material de los escritos de acusación, lo cual quiebra las normas esenciales del procedimiento".

A juicio de Baltasar Garzón, la intervención de Luciano Varela "no sólo es material, sino que es parcial, por vulnerar de forma clara y decisiva la imprescindible neutralidad e imparcialidad que debe presidir la labor de un instructor". Además, indica, esta conducta afecta al derecho a un juez imparcial y lesiona el derecho a la defensa.

Para Garzón, el instructor "ha tomado partido a favor de uno de los contendientes en el pleito, por lo que ha de ser recusado".

Por otro lado, Garzón expresa su satisfacción por la posterior decisión de Varela de expulsar del procedimiento a Falange Española, si bien considera incorrecto aceptar el segundo escrito de Manos Limpias.