La certificación de calidad obtenida por el programa de trasplante cardiaco del Hospital 12 de Octubre supone, según el Gobierno autonómico, "el reconocimiento al trabajo de un numeroso equipo de profesionales, bien formados y entrenados, que trabajan en coordinación, con una buena definición de sus funciones y un correcto control del equipamiento, entre otros requisitos".

El Hospital 12 de Octubre realizó su primer trasplante cardiaco en 1991 y desde entonces se han llevado a cabo 437, de ellos 14 en 2009.

Además, han recibido esta certificación la Sección de Biología Molecular del Servicio de Hematología, la Unidad de Monitorización de Fármacos del Servicio de Bioquímica, el equipo de Soporte Hospitalario y la Unidad de Farmacia Oncológica, todos ellos de este centro.

El Hospital Universitario 12 de Octubre cuenta ya con 13 unidades y servicios con certificación ISO 9001:2008. Esta certificación, entregada por la Asociación Española de Normalización y Certificación (Aenor), organismo responsable del desarrollo y difusión de las normas técnicas en España, propicia la mejora continua en la organización y facilita conseguir objetivos en áreas estratégicas.

La acreditación mediante la norma ISO 9001 permite a los centros sanitarios introducir mejoras significativas en su funcionamiento.