El presupuesto total de la restauración es de 4,6 millones de euros, de los cuales 2 millones serán aportados respectivamente por la Fundación Caja Madrid y la Fundación San Millán de la Cogolla y 600.000 euros por la Orden de Agustinos Recoletos.

Por otro lado, el presidente de la Fundación Caja Madrid, Miguel Blesa, ha sido nombrado miembro del Patronato de la Fundación San Millán de la Cogolla.

Las obras de carácter civil en la iglesia consistirán en un drenaje perimetral en la cabecera, el saneamiento del solado, la demolición de revestimientos de hormigón fruto de intervenciones anteriores, la total restauración de paramentos interiores, nervios y plementerías de las bóvedas, la restauración del lucernario situado en el brazo Sur del crucero y el retejado puntual y selectivo en las cubiertas.

Asimismo, se restaurarán de manera integral las capillas de San Agustín, de Montserrat, de las Reliquias, de San José y la Capilla Parroquial, recuperando en su ubicación primigenia los bienes muebles que en su día se trasladaron al museo para su mejor conservación.