A pesar de las dificultades que plantea el edificio, catalogado como Bien de Interés Cultural, tras un queja planteada por el Comité Español de Representantes de Personas con Discapacidad (Cermi) en 2008, y examinada finalmente por la Oficina Permanente Especializada del Ministerio de Sanidad y Política Social, se ha decidido la adecuación necesaria para garantizar la accesibilidad.

Según el escrito presentado por el Cermi a la Administración, la sede del museo "no reunía las condiciones de accesibilidad necesarias para que los ciudadanos con discapacidad pudieran visitar y acudir a esas dependencias con normalidad, ya que los únicos accesos existentes presentan barreras arquitectónicas muy graves, sin vía alternativa acondicionada”.

Según el Comité, esta situación incumplía la legislación vigente y suponía "una discriminación para las personas con discapacidad y, más, tratándose de un organismo público que debe velar por la observación rigurosa de la Ley”.

Como respuesta a esta queja, el Ministerio de Cultura manifestó que “se ha adjudicado la ejecución de un proyecto que dotará al Museo de las medidas necesarias para permitir la accesibilidad a la exposición sin barreras arquitectónicas”.

En concreto, se acondicionará la entrada al museo por la calle Alfonso XII y se incorporará un ascensor público, que tendrá capacidad para usuarios en sillas de ruedas, entre otras modificaciones.